1．變更設計的工程費用處理
1)I類變更設計引起的費用按初步設計批準概算編制原則，扣除不應發生的費用后確定；Ⅱ類變更設計引起的費用應按施工承包合同約定的單價和計價方式確定。
2)I類變更設計引起的費用按批準意見執行；Ⅱ類變更設計引起的費用列入預備費。工程質量事故引起的變更設計，相關費用按鐵道部有關規定由事故責任方承擔。
2．變更設計的勘測設計費用處理
1) I類變更設計的勘察設計費，按鐵路工程勘察設計收費標準計算，按變更設計批準意見辦理；
2)工程質量事故引起的變更設計，勘察設計費由事故責任單位承擔
3)勘察設計單位無償完成因勘察設計質量引起的變更設計。