全域土地整治的核心流程通常分為以下四個階段，結合最新政策實踐及實施指南梳理如下：

一、前期謀劃與立項階段

潛力調查與區域劃定

基于國土變更調查、土壤調查等數據，分析土地利用現狀、耕地質量及生態本底，識別耕地碎片化、建設用地低效等問題。優先選擇整治需求迫切、群眾基礎好的區域作為實施單元，確保連片推進，并排除違背農民意愿或破壞生態紅線的情形。

立項申請與方案預審

提交整治區域矢量圖、資金預算、村民意見（需2/3以上同意）等材料，逐級報省級自然資源部門備案。涉及永久基本農田調整的需省級農業農村部門審核，并確保新增耕地面積≥調整面積的5%。

二、方案編制與審批階段

實施方案編制

明確整治目標（如新增耕地≥5%）、農用地整理（耕地集中連片）、建設用地整理（拆舊復墾）、生態修復等任務。與村莊規劃、“三區三線”調整方案同步編制，確保耕地和永久基本農田布局優化符合國土空間規劃。

省級聯合審查與合規性論證

省級自然資源部門組織專家對實施方案的科學性、合規性（如耕地占補平衡、生態保護）進行論證，重點審查永久基本農田調整比例。同步更新村莊規劃數據庫，并納入國土空間規劃“一張圖”系統。

三、項目實施與權屬調整階段

子項目立項與實施

分類立項農用地整理（高標準農田建設）、建設用地整理（宅基地復墾）、生態修復（河道治理）等子項目，鼓勵整體打包審批。采用“投資人+EPC”或PPP模式引入社會資本，執行項目法人制、招投標制及過程監管。

土地權屬調整

通過互換并地、土地托管等方式集中耕地，保障農民權益；施工前剝離表土用于后期復墾。權屬調整方案需經村民會議決議、公示15天無異議后報縣級以上政府批準。

四、驗收考評與后期管護階段

分項驗收與整體驗收

子項目由行業主管部門驗收（如農業農村部門驗收高標準農田質量），形成驗收報告。整體驗收由市級自然資源部門組織，核查任務完成率、資金使用合規性及檔案完整性。

后期管護與指標交易

簽訂3年以上管護協議，明確農田水利設施、生態修復工程的維護主體，通過衛星遙感動態監測耕地“非糧化”。節余建設用地指標可在省域內交易，收益反哺農村基礎設施建設和產業振興。

關鍵政策依據

規劃銜接：需與“三區三線”調整方案一致，涉及永久基本農田調整需省級實地論證。資金管理：禁止挪用專項貸款，財政補助資金需專款專用，鼓勵社會資本參與。生態保護：嚴禁破壞古樹名木或占用生態保護紅線，生態修復措施需符合規劃。

通過以上流程，全域土地綜合整治可實現耕地保護、生態修復與鄉村振興的協同推進。